Raki est un garçon qui a vu mourir ses parents des mains d'un Yoma. Ces démons se font passer pour des humains, prenant leur physique, leur mémoire et leur comportement, il est impossible pour une personne normale de les distinguer. Le seul moyen pour éradiquer cette menace est de demander l'aide d'un mystérieux groupe : les Claymores. Ce sont des femmes, mi humain mi Yoma, exclues de la société en raison de leur origine et de leur apparence. En effet, l'une de leurs caractéristiques sont leurs yeux argentés qui changent de couleur lorsqu'elles combattent un Yoma. Afin d'éliminer le Yoma qui se trouve dans le village de Raki, le chef fait appel à l'organisation. C'est ainsi que le jeune orphelin fera la connaissance de Clare, une Claymore qu'il suivra dans ses missions ce qui lui permettra de voir si les Claymores sont aussi inhumaines qu'on le prétend.